经颅磁刺激技术的工作原理基于：利用脉冲磁场作用于中枢神经系统（主要是大脑），改变皮层神经细胞的膜电位，使之产生感应电流，影响脑内代谢和神经电生理活动，从而引起一系列生理反应。
换句话说就是：让磁场穿过头皮，有针对性地刺激大脑特定区域，调控神经系统。
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经颅磁刺激治疗的优势是无痛无创、安全可靠、操作简单。
关于经颅磁（TMS）安全性的资料非常多，大多患者不会出现明显的认知负效应。
2021 年国际临床神经生理学联盟（the International Federation of Clinical Neurophysiology, IFCN）修订发布第三版重复经颅磁刺激的安全指南,指南指出经颅磁用于治疗神经精神类疾病的不良反应极低，其中在无诱发风险因素的情况下癫痫发作的概率低到0.01%~0.1%。
经磁颅还有一个优势，是精准：磁场作用于大脑皮层神经元集群的位置，亦称“刺激靶区或作用（治疗）靶区”。它可以穿透颅骨，直达大脑深部损伤核团，在大脑神经元细胞中产生感应电场，“点对点”的调控神经，从而更好地实现精准化治疗，这样既节约成本，又能提高疗效。
经颅磁刺激治疗已广泛应用于难治性抑郁、睡眠障碍、物质成瘾、帕金森等疾病的临床治疗中。
治疗香烟成瘾：
我们知道，香烟之所以会让我们成瘾，究其根本就是尼古丁在作祟。尼古丁会刺激脑皮质，产生兴奋感。但随着尼古丁摄入时间越长，兴奋刺激也随着变小，尼古丁的摄入也就越来越多。这也是很多抽烟者开始一天只抽几根就能达到预想的放松效果，后来一天要好几盒才能满足的原因。
经颅磁治疗香烟成瘾的原理在于：通过持续刺激大脑左侧背外侧皮质区（DLPFC）或右侧背外侧皮质区（DLPFC），增加多巴胺释放，达到摄入尼古丁的效果，从而代替真正尼古丁以及其它成瘾物质的摄入。
在经颅磁治疗过程中，联合诱发吸烟相关线索，引发吸烟冲动后再通过经颅磁刺激调控相关神经网络，从而达到对香烟成瘾记忆的调整，最终成功戒断烟瘾。
治疗抑郁症：
经颅磁临床应用和治疗最多的是抑郁症，它的治疗有效性已广泛达成了共识。
2016年，总部位于美国的临床TMS协会发布了TMS治疗共识，提出TMS治疗抑郁症的5大临床建议：推荐TMS作为缓解抑郁症状的急性治疗方法；
接受过TMS急性治疗并有效的患者，若抑郁复发可推荐TMS作为维持治疗的方法；
TMS可联合抗抑郁药或其他精神类药物治疗抑郁症；
使用TMS急性治疗有效的患者，推荐继续使用TMS作为维持治疗手段；
首次使用TMS治疗有效的患者，在抑郁复发后可继续考虑进行TMS治疗。
2017年美国精神病协会提出了TMS治疗抑郁症的临床应用方案推荐：
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2017年NNDC和APA联合发布了rTMS临床治疗共识；
2018年中国rTMS治疗专家共识发布。
2019年《经颅磁2019年欧洲指南》，抑郁症继续被列为A类的推荐。
有研究数据显示，接受深部经颅磁刺激治疗的难治性抑郁症患者中有超过三分之一症状得到有效缓解，有75%的难治性抑郁症患者的症状得到显著改善。
治疗失眠症：
目前经颅磁被认为是治疗睡眠障碍的有效手段。
经颅磁治疗失眠症，主要通过固定频率和磁场强度持续作用于大脑皮层，打乱大脑皮层的兴奋与抑制的联系，通过调节调节神经递质的浓度，影响松果体褪黑激素的合成和分泌，达到维持正常睡眠觉醒周期和生理功能的目的。
此外，高频经颅磁刺激还可引起突触的长时程增强，导致突触可塑性变化，而睡眠障碍患者慢波睡眠减少，突触可塑性变化可有效诱导慢波睡眠，从而增加患者的睡眠深度。
2021年7月，Hongwei Wu等人在期刊_Sleep Medicine_发表题为《The long-term effect of repetitive transcranial magnetic stimulation in the treatment of intractable insomnia》的研究性文章，对难治性失眠患者在接受重复经颅磁刺激（rTMS）治疗后的临床疗效持续时间进行了详细探讨。
文章结果表明，经颅磁（TMS）治疗难治性失眠症疗效确切，疗效持续时间与治疗疗程有关。
患者在完成两个疗程的经颅磁（TMS）治疗后，三个月内仍能从中受益，值得临床推广。
治疗帕金森病（Parkinson disease，PD）：
经颅磁刺激治疗被证实可改善 PD患者的运动及非运动症状，提高生活质量，已经成为 PD 重要的非药物治疗手段。
动物实验显示，经颅磁刺激治疗 能调节中枢神经系统单胺能神经递质水平，增强突触可塑性，保护神经元，促进神经生长，从而改善 PD 运动症状。
3 项 随机对照临床试验（randomized controlled
trial, RCT）发现，经颅磁刺激辅助运动区 （supple-mentary motor area, SMA） 可显著改善 PD 患者的运动症状，其中经颅磁刺激SMA 有助于改善姿势和步态障碍（2级证据），高频 5 Hz 刺激SMA对运动迟缓疗效更显著（2 级证据），采用持续性脉冲刺激（continuous theta -burst stimulation,cTBS）模式刺激可能更有效改善 PD 运动症状（3级证据）。
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